Tujuan yang hendak diemban prodi PAI adalah ; (1) Menghasilkan Lulusan Sarjana Pendidikan Agama Islam yang Religius, Profesional, Modern dan Berkarakter, (2) Peningkatan mutu & Produktifitas Penelitian Pengembangan dan Inovasi pembelajaran Pendidikan Agama Islam di sekolah dan Masyarakat. (3) Terjalinnya Kemitraan yang konstributif dan berkesinambungan dengan Stakeholder Pendidikan dalam rangka desiminasi hasil-hasil Penelitian bagi pengembangan Pendidikan Islam. (3) Manajamen tata kelola akademik Program Studi Pendidikan Agama Islam yang unggul dan terdepan di kawasan Timur Indonesia tahun 2030. Tujuan ini selanjutnnya di rumuskan kedalam Sasaran, Starategi Pencapaian yang dijabarkan menjadi program jangka pendek, program jangka menengah dan Program Jangka Panjang. Implementatifnya di operasionalisasikan ke dalam Dokumen Rencana Aksi Program Studi (RAPS) Prodi PAI UPPS Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan IAIN Sultan Amai Gorontalo.